В UNEC будет применена новая система управления.
В целях совершенствования системы управления UNEC в университете создан Общий секретариат. Система управления, отвечающая современным требованиям, будет действовать на основе международного опыта. В связи с применением системы для секретарей факультетов проведены тренинги. Система как проект пилот созданная на 3 мегафакультетах UNEC в будущем будет применяться на всех факультетах университета.
В соответствии с новой системой административное управление будет отделено от академического управления, а текущие работы от стратегических. Большая часть полномочий в выполнении текущих и административных работ ректора и деканов будет передана в секретариат. Являясь текущей и административной структурой управления, подчиняющейся секретариату университета, будет координировать структуры, осуществляющие эти работы. Применение новой системы будет способствовать более эффективному использованию труда кадровых ресурсов.