Təsərrüfat şöbəsi universitetin ilk yarandığı vaxtdan mövcud olmuş və hazırda öz fəaliyyətini davam etdirir.
Təsərrüfat şöbəsinə müxtəlif illərdə T.Şirinov (2001-2006), C.Cavadov (2006-2008), N.Əliyev (2008-2010), O.Hüseynzadə (2010-2014) rəhbərlik etmişlər.
2014-cü ildən 2018-ci ilə kimi şöbəyə Elçin Xəlilov rəhbərlik edib.
2019-cu il martın 15-dən şöbəyə Rahib Muradov rəhbərlik edir.
Təsərrüfat şöbəsinin qarşısında çox genişmiqyaslı vəzifələr durur. Universitetin tədris və köməkçi binalarının mühafizəsi, tədris ləvazimatları və inventarlarla, elektrik avadanlıqları, kompyuterlərlə, rabitə sistemi ilə təmin etmək, nəqliyyat təsərrüfatını idarə etmək, digər işlər və xidmətlər Təsərrüfat şöbəsinin üzərinə düşən vəzifələrdəndir.
Universitetin tədris binalarının mühəndis-kommunikasiya xətlərinə – istilik və elektrik sisteminə, su, qaz, rabitə xidmətlərinə nəzarət etmək, binaların əsaslı və cari təmirinin həyata keçirilməsi işləri də Təsərrüfat şöbəsinin üzərinə qoyulmuş vəzifələrdəndir.