UNEC-in idarəetmə sistemini təkmilləşdirmək məqsədilə universitetdə Ümumi katiblik yaradılıb. Müasir tələblərə cavab verən idarəetmə sistemi beynəlxalq təcrübə əsasında fəaliyyət göstərəcək. Sistemin tətbiqi ilə bağlı fakültə katiblərinə təlimlər keçilib. Pilot layihə kimi UNEC-in Maliyyə və mühasibat, Biznes və menecment və İqtisadiyyat meqafakültərində yaradılan sistem gələcəkdə universitetin digər fakültələrində də tətbiq ediləcək.
Yeni sistemə əsasən, inzibati idarəetmə akademik idarəetmədən, cari işlər isə strateji işlərdən ayrılacaq. Rektorun və dekanların cari və inzibati işlərinin görülməsi səlahiyyətlərinin böyük bir hissəsi katibliyə ötürüləcək. Universitet katibliyinə tabe olan qurum cari və inzibati idarəetmə strukturu olaraq, bu işləri həyata keçirən qurumların işini koordinasiya edəcək. Yeni sistemin tətbiqi universitetin kadr resurslarının əməyindən daha səmərəli yararlanmağa səbəb olacaq.